SMP Presiden-Boarding School, sama halnya SMA Presiden dan Universitas Presiden bernaung di bawah Yayasan Pendidikan Universitas Presiden. Sebagai sekolah nasional plus berwawasan global, SMP Presiden berdiri pada 23 Juni tahun 2006 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Bekasi No. 421/884-Disdik, dengan NSS: 202022209008 dan NPSN: 20252018; dan mulai beroperasinal pada Juni 2007.

Pada tanggal 17 Oktober 2009, SMP Presiden terakreditasi A (Amat Baik) dengan nilai 95 oleh BAN S/M berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Propinsi Sekolah/Madrasah Propinsi Jawa Barat Nomor 02.00/442/BAP-SM/X/2009. Bulan Januari 2011, SMP Presiden tervalidasi dalam 30 sekolah berstandar nasional (SSN) oleh Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Bekasi dari 300 SMP yang ada di Kabupaten Bekasi serta mendapatkan predikat Sekolah Asrama ( Boarding School ) terbaik di JABODETABEK (Jakarta, Bogor, Tangerang, Bekasi) Indonesia.

Landasan Filofis pendidikan SMP Presiden – Boarding School mengacu pada filosofi pendiri, S.D. Darmono, CEO PT. Jababeka Tbk., yaitu Think Big, Start Small, Move Fast dengan fokus perhatian pada pengembangan kompetensi para murid (competence), pembentukan kepribadian berkarakter berdasarkan nilai-nilai (values) dan semangat keindonesiaan dan kebangsaan yang berwawasan global (patriotic).

Proses pendidikan di SMP Presiden mengacu pada Badan Standar Nasional Pendidikan (BSNP) dan Kurikulum 2013 (Kurtilas) Plus pengembangan pendidikan khas SMP Presiden, yaitu pendidikan karakter, pendidikan nilai dan kedisiplinan.